小保方晴子的导师及论文合作者笹井芳树于8月5日自缢身亡。STAP细胞丑闻给笹井芳树带来了沉重打击，威胁到了笹井芳树博士的心血——一个独立委员会在丑闻发生后提议解散理研所的发生与再生科学综合研究中心，作为该中心的副主任，笹井芳树发挥了很大作用，帮助它发展成为了世界领先的干细胞研究中心之一。 日本NHK电视台称，在笹井芳树的公文包里，以及他秘书的办公桌上，人们发现了他写给同事们的几封遗书，分别给小保方、研究中心干部与研究室成员。给小保方的遗书为1张纸，大致写着“研究很快乐”、“请务必再现STAP细胞”等内容。还留下了“这不是你的错”、“请一步一步迈向新的人生”等鼓励的话语。另外几封遗书上则写的是关于引起骚动的道歉及表明自己“精神上很疲惫”等内容。
