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科技 GISAID平台上汇聚分享的全球新冠基因组测序数据已破百万大关

本帖由 漂亮的石头2021-04-26 发布。版面名称:新闻聚焦

  1. 漂亮的石头

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    作为一个流行的线上数据分享平台,GISAID 汇聚了全球诸多科研团队的 COVID-19 溯源努力。最新消息是,其已拿到了来自全球 172 个国家和地区、超过 120 万组的 SARS-CoV-2 基因序列。Nature 指出,这些数据对科学家们追溯新冠病毒起源、COVID-19 爆发的流行病学研究、以及相关变异毒株的全球传播都有着至关重要的作用。

    [​IMG]

    (来自:GISAID)​

    非营利组织“全球禽流感数据共享倡议”(简称 GISAID)科学顾问、来自新加坡的 Sebastian Maurer-Stroh 表示:


    根据世界各地提交的最新数据,我们可以构建出一套追溯新冠病毒如何在全球范围内传播的监测系统,以了解相关防疫措施和疫苗是否仍然有效。

    早在 2006 年,科学界就已经提出了 GISAID 的倡议。起初许多地方政府都出于各种原因(比如单纯的利益考量),而未选择向外界分享禽流感的基因组信息。

    直到两年后,随着政府与科学家们完成了艰苦的数据共享协议谈判,GISAID 项目才得以正式启动。


    尽管 GISAID 不是唯一用于基因组序列分享的数据库,但它依然在 COVID-19 大流行时期发挥了重要的作用。

    截止上周末,GISAID 上分享的 SARS-CoV-2 基因组序列已经超过了百万份。

    Maruer-Stroh 指出,当 COVID-19 开始传播时,GISAID 团队立即与世界各地的研究人员和有关部门取得了联系,以扫除获取分享 SARS-CoV-2 基因组数据的相关障碍。


    之后当西非地区的研究人员告知其缺乏生物学信息培训时,塞内加尔的一名 GISAID 科学家就伸出了援手。

    在高质量数据的支持下,通过比较当地流行毒株与其它地方 SARS-CoV-2 之间的关系,就能够及时发现有哪些新的编译。

    其中某些发达国家 / 地区上传了大量的新冠基因组序列,并在数据库中占据了相当大的份额。截止 4 月 20 日的时候,美国和英国就分别贡献了 303359 / 379510 份序列。


    即便如此,GISAID 的数据库远未完善,比如坦桑尼亚就一直在否认新冠流行(为上传分享任何序列)。

    此外几个大爆发的国家的检测能力也狠狠地拖了后腿,比如萨尔瓦多(678541 例 / 仅上传 6 个序列)和黎巴嫩(513006 例 / 仅上传 49 个序列)。
     
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