李雷，腾讯新闻知识官 阅读原文 呼吁全世界各国加强病毒全基因组检测，越多的数据越接近真相。 首先要说明一点，溯源问题上，主要是讲究证据链和概率，尤其是目前的溯源文章基本上是生信分析，也就是我经常自我调侃的科学算命，主要是一个概率问题。包括版纳所的这篇文章也是我们老同行的作品。 其次，各位要否定我们的研究时候，一定要给出真实可靠的证据，那就是核酸证据，千万别总是想着各种缺乏真实证据的东西，尤其是症状相似这种玄乎的东西。 李雷：为什么核酸才是金标准？ 所以，有一分证据，说一分话。 台湾这个专家的推断，在当前证据下，基本上不成立，至少从流行病学上，台湾专家提到的美国有全部 5 个病毒株群，很打脸的是，这些人，全是有武汉旅行史或接触过武汉旅行史的。 那个古老的 H38，是美国的第一例，他是个回武汉探亲的中国人， 所以，你说武汉到底有多少病毒株没被检测？？？因此，强烈建议武汉继续检测，不过好像没可能了~~~ 1，美国的发病晚于中国，且有武汉旅行史 尽管从进化上分析，我们发现美国的和广东的病例说携带的病毒属于较为古老的病毒，但是，这并不能说明病毒是其他地方的，事实上，这两个患者，他们的旅行记录表明 2019 年 12 月底至 2020 年 1 月初都来过武汉，然后他们都是 1 月份发病的，晚于武汉。所以，流行病学上是在武汉被感染的。上面的研究，只能佐证他们并不是被华南海鲜市场病毒感染的，而是可能来自武汉其他地方的病毒。而这也引出了一个本研究的根本上缺陷——病毒样本不完善。 原文引用了两篇文献，我查了下，如下 广东首例： They had no history of contact with animals, visits to markets including the Huanan seafood whole sale in Wuhan, or eating game meat in restaurants.——柳叶刀[1] 美国首例： Although the patient reported that he had not spent time at the Huanan seafood market and reported no known contact with ill persons during his travel to China——新英格兰[2] 2，武汉的问题在于样本太不客观 尽管在这个计算中，武汉个体是非常多的，但是很遗憾的是，不具有统计学上的普遍性 事实上，尽管整个研究选择了 93 个样本的基因组，是迄今为止发表的关于新型冠状病毒疫情最大规模群体基因组研究，但是，这个研究样本还是不够全面。 武汉样本样品采集时间局限于 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。而那个时候，当地对于疫情的排查集中在了华南海鲜市场，而样本来自几家定点医院，换句话说，样本取样地不具备统计学上的无偏性，这导致最终的数据分析也必然受到了影响，也就是garbage in，garbage out。 然而根据目前看法，早期患者没有华南海鲜市场接触史 最早报道的病例是 12 月 1 日，这个病例并没有华南海鲜市场暴露史，接下来 12 月 10 日新增的 3 例患者，有 2 例无华南海鲜市场暴露史。换句话，在早期爆发的 4 例中，有 3 例都是没有华南海鲜市场暴露史的，这就意味着，最早的源头，应该不是华南海鲜市场。 这意味着，华南海鲜市场不是最早的源头，应该是武汉其他区域，所以，用华南海鲜市场的样本来，从一开始就不是早期样本，自然后续推论也有问题了。 事实上，我们根据广东和美国的病例，可以推测出，武汉本地存在更古老的单倍型 H13 和 H38。因此，要想完整的溯源，事实上对武汉后续发病例进行更广泛的基因组检测，这样才能更好地确定真正的源头。 然而，武汉早期提供的样本要求必须有华南海鲜市场接触史： 这意味着，从源头上，武汉就直接把样本给限定了。这种情况下，你哪怕测序 1 万例，也只能看到从这个地方起源的那些病例，也就是这个图 有啥意义呢？ 从华南海鲜市场采样，然后证实这些华南海鲜市场感染的病人是源于华南海鲜市场？这还用核酸验证么？多此一举。 事实上，版纳所文章都给出了一个路线图，目前其他地方的都是从湖北传出去的 最后， 1，不要歪曲版纳所文章，要讨论，也要基于这篇文章。 2，如非必要勿增实体的基本科学逻辑 3，如果有其他想法，欢迎给出【基因】研究证据 4，当然你要是谈非科学之类的问题，那自便 5, 呼吁美国等加大全基因组检测力度，包括对前期疑似病例检测~ 1 Chan JF-W, Yuan S, Kok K-H, et al. A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novelcoronavirusindicatingperson-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet 2020 2 HolshueML,DeBoltC,LindquistS,etal.FirstCaseof2019NovelCoronavirusinthe United States. N Engl J Med 2020 3 WB Yu et al.Decoding the evolution and transmissions of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using whole genomic data 一些额外的话，我这个内容只是基于当前的证据，我也认为，当前的研究，证据并不是板上钉钉。 比如各位反复提到的一个问题，美国只检测武汉接触史的病例。然而，从流行病学的角度，这是有一些道理，毕竟新冠疫情是武汉爆出的，其他地方自然也没必要去检测无武汉暴露史的或接触史的。 疫情从 A 开始，B 检测来自于 A 的个体，发现的确是输入型的，进一步佐证了 A 的起源。 至于其他地方更早出现的一些肺炎情况，如果不做检测，那么始终只能认为是非新冠肺炎。但是从防疫角度，又没必要对已经发生过的其他肺炎进行检测了。这个就陷入了个循环。 所以只能期望各国继续呼吁更多的基因组序列，然而，这一点，又似乎不单单是个科学问题了~ 阅读原文
