根据2021年4月1日发表在《科学报告》（Scientific Reports）上的加州大学戴维斯分校兽医学院的新研究，对数千份SARS-CoV-2样本的基因组测序显示，COVID-19病例的激增是由新的冠状病毒变异体出现所驱动的。 加州大学戴维斯分校兽医学院人口健康和生殖学教授Bart Weimer表示，随着变异体的出现，就会有新的爆发，经典流行病学与基因组学的合并提供了一个公共卫生当局可以用来预测流行病进程的工具，无论是冠状病毒、流感还是一些新的病原体。 虽然SARS-CoV-2只有15个基因，但它却在不断变异。这些变化大多差别不大，但有时病毒会或多或少地变得具有传染性。Weimer和研究生DJ Darwin R. Bandoy最初分析了150个SARS-CoV-2菌株的基因组，这些菌株大多来自2020年3月1日前在亚洲爆发的疫情，以及这些疫情的流行病学和传播信息。他们将疫情按阶段划分为：指数型（未爆发）、起飞型、指数型增长和衰退型。病毒传播的难易程度由R值或繁殖数设定，其中R是每个感染者造成的新感染平均数。 他们将所有这些信息综合成一个指标，称为GENI，代表病原体基因组的身份。将GENI分数与流行病的阶段进行比较，结果显示，遗传变异的增加紧接在病例指数增长之前，然而，在新加坡，变异的爆发与较小的疫情有关，公共卫生当局能够迅速控制疫情。 Weimer和Bandoy研究了收集到的和2020年2月至4月在英国的2万个SARS-CoV-2病毒序列，并与病例数据进行了比较。他们发现，GENI变异得分随着病例数的增加而稳步上升。当英国政府在3月下旬实施全国封锁时，新病例数量趋于稳定，但GENI得分继续上升。这表明，在病毒快速进化的情况下，禁止聚会、口罩任务和社会疏远等措施能有效控制疾病的传播。 这也可以帮助解释 "超级传播者 "事件，当大量的人在一次事件中被感染，而预防措施却被放松。Weimer说，他希望公共卫生当局能够采取测量病毒变异并将其与当地传播率R联系起来的方法。通过这种方式，当一个新的爆发即将到来，你可以得到一个非常早期的警告。
